Franz se une à Luftwaffe, a força aérea alemã, em 1936. Em 1938, ele foi promovido a tenente. Quando a Segunda Guerra Mundial começou, ele estava servindo na unidade militar Jagdeschwader 3, na invasão à França. Logo ele se tornou um ótimo oficial, promovido a ajudante do II Gruppe Jagdeschwader 3.
Franz possuía um filhote de leão como mascote, o qual ele batizou de Simba, mantendo o animalzinho como mascote de sua unidade aérea.
Von Werra conquistou suas quatro primeiras vitórias durante a Batalha da França, em maio de 1940. Ele abateu um avião Hawker Hurricane em 20 de Maio de 1940; dois aviões bombardeios Breguet 690 no dia 22 e um avião Potez 630 próximo a Cambrai, no mesmo dia. Durante a Batalha da Inglaterra, em 25 de Agosto, ele derrubou um avião Spitfire próximo à cidade de Rochester, e três aviões Hurricane. Isso significava muito: abater inimigos em solo inimigo era algo extremamente arriscado. E num desses riscos Franz acabaria por ser abatido, capturado e mantido prisioneiro.
Franz tentou fugir diversas vezes. Uma delas foi em 7 de Outubro, onde ele tentou fugir durante uma caminhada diária supervisionada. Ajudado por outros alemães, ele conseguiu se esconder em uma pedra, conseguindo escapar. Ele ficou escondido dentro de uma hoggarth, uma construção rústica de pedras para guardar alimentos para ovelhas. Foi encontrado, mas conseguiu fugir à noite. No dia 12 de Outubro ele foi novamente encontrado e capturado, punido com 21 dias de reclusão na solitária. Depois, foi transferido para o campo prisional número 10, em Swanwick.
Transferido mais uma vez, agora para o campo prisional número 13, Franz e um grupo de prisioneiros cavaram um túnel durante um mês inteiro. No dia 17 de Dezembro, o túnel foi concluído. Franz e outros quatro prisioneiros do grupo conseguiram fugir em 20 de Dezembro , e arranjaram passaportes e identidades falsas. Logo os guardas notaram a movimentação e todos os membros do grupo foram capturados, exceto Franz. Conseguindo um uniforme, ele se fez passar pelo capitão Van Lott, um piloto da Força Aérea Holandesa. Conseguiu carona em um trem, mentindo ao maquinista dizendo-se um piloto abatido que precisava chegar a uma unidade da Real Força Aérea mais próxima. Ao chegar na estação de trem de Codnor Park, ele chegou a ser interrogado por policiais, mas conseguiu convencê-los de que falava a verdade. Ele foi transportado até o aeródromo da Real Força Aérea em Hucknall, perto de Nottingham. Um líder de esquadrão, chamado Boniface, pediu suas credenciais. Ele disse que era lotado em Dyce. Enquanto Boniface foi checar as informações, ele conseguiu entrar em um avião, mas foi reconhecido antes de conseguir decolar e enviado para a prisão de Hayes. Em Janeiro de 1941, ele é enviado a uma prisão militar no Canadá. Enquanto era transferido para a prisão em Ontario, conseguiu escapar com outros sete prisioneiros, pulando do trem. Mas apenas ele conseguiu fugir.
Franz alcançou o rio Saint Lawrence e conseguiu atravessá-lo, passando pela fronteira dos EUA, chegando à cidade fronteiriça de Ogdensburg, no estado de New York. Logo ele se entregou espontaneamente à polícia norte-americana, sendo preso pelas leis de imigração. Por conta disso, ele tinha o direito de contactar alguma autoridade alemã para sua extradição. Franz contactou um cônsul alemão que pagou sua fiança. Agora, mais uma vez, ele estava em liberdade.
Franz aproveitou para fazer uma fama pessoal. Contactou vários jornalistas norte-americanos e relatou sua história fantástica (claro, aumentando um pouco os fatos). Existem vários indícios em jornais noticiando as aventuras de Franz. Acontece que todo esse barulho despertou a atenção das autoridades canadenses, que começaram a negociar sua extradição com os americanos para o Canadá.
Enquanto as autoridades americanas e canadenses perdiam tempo com questões burocráticas, Franz entrou novamente em contato com um diplomata alemão que o ajudou a fugir pela fronteira com o México. Agora, Franz estava fora do alcance das autoridades americanas e canadenses.
Após passar algum tempo no México, Franz viajou para o Brasil, passando um tempo na cidade do Rio de Janeiro, o mais famoso cartão postal brasileiro. Na época, as relações entre o Brasil de Vargas e as potências do Eixo eram mais amigáveis, e Franz certamente não encontrou nenhum tipo de problema em permanecer no país tropical. Após sair do Brasil, Franz volta à Europa. Primeiro, chega à Barcelona, na Espanha. Depois, vai para a Itália, na cidade de Roma.
No dia 18 de Abril de 1941, Franz chega à Alemanha. É recepcionado como herói, e recebe, do próprio Hitler em pessoa, a condecoração da Cruz dos Cavaleiros da Cruz de Ferro. Ele participou também de um programa de treinamento que ensinava pilotos alemães a agir de forma adequada caso fossem abatidos e capturados. As experiências de Franz ajudaram os alemães com informações importantes sobre os métodos de interrogatório britânicos, as instalações militares desses países e seus aspectos militares em geral.
Franz retornou à Luftwaffe e passou a combater no front russo. Ele obteve um total de 21 vitórias apenas durante o mês de Julho de 1941. Em Agosto, ele retornou à Alemanha para experimentar o novo avião BF 109F-4. Passou a combater em Katwijk, na Holanda.
No dia 25 de Outubro de 1941, Franz realizava um voo operacional de testes em seu novo avião BF 109F-4 quando um defeito no motor o fez perder o controle da aeronave. Ele não conseguiu recuperar o controle, e acabou caindo no mar ao norte da cidade de Vlissingen. Foi dado como morto, e seu corpo jamais foi encontrado. Franz não foi o mais experiente e bem sucedido piloto alemão. Vários outros pilotos tiveram desempenhos melhores do que o dele. Sua fama é justamente por conta de sua fantástica fuga e pelo fato de ter sido ele o único alemão abatido, capturado, preso e que conseguiu fugir e retornar vivo à Alemanha. Franz deixou uma história de combate, fidelidade a seus companheiros e carinho ao seu maior companheiro de voos, seu leãozinho Simba. A determinação de Franz fez com que ele sobrevivesse à duras privações nas diversas prisões por onde passou, e sua morte prematura tornou-o uma figura ainda mais emblemática.
Sua história foi relatada no filme "The One That Got Away" de 1957.
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